听到这个消息，刘孔照等很多人都是心中不服，史可法在拥立福王的过程中几乎什么都没有干，竟然获得了内阁首辅的高位，而马士英从中做出了重大贡献，结果竟然在三位内阁成员中的地位最低，而且因为马士英现在还在镇守凤阳，事迹等于被排挤出了政权核心。
“哼，史可法虽有德却无能，东林党早已经不复往日，他们都会说一些冠冕堂皇的漂亮话，可是有几个德才兼备的人才？更兼不能容人，一旦他们掌控大权，东南赋税根本不可能再被收上来，接下来的局面恐怕如同北直隶那样，因为缺钱而迅速陷入崩溃，嘿嘿不得不说，鸣风侄儿这些话还是很有道理的，既然这样，我必须想办法阻止东林党掌权，看起来我必须想办法和马瑶草见一面了。”
刘孔照想到这里，连夜渡江前去面见马士英，把南京所发生的事情详细的告诉了马士英。
马士英听说消息之后心中也是不满，史可法原本只不过是巡抚凤阳、淮安等地，严格算起来，自己还是他的上司，而且在拥立福王的过程中他几乎没有怎么出力，竟然窃据内阁首辅，而自己这个忙前忙后出了大力的人竟然被挤出了政权核心。
而且论能力的话，马士英要比史可法强一大截，让史可法这样的能力平常的人做首辅，大明可真的就要完了。
更何况自己当初也跟儿子马鸣风保证好了，一定要把首辅给弄过来，现在怎么能够说话不算话呢？
“佛说我不入地狱谁入地狱，既然这样，我也就当一回恶人吧。”
于是马士英暗暗上书福王，把史可法当初说福王七大缺点的事情说了出来。
史可法得到消息之后，知道自己没办法再在朝廷混下去了，只好主动申请前去扬州督军，把马士英给换回来。
朱由崧听了那些话本来就有些暗暗恼恨史可法，现在一听这话自然是借坡下驴，改任史可法为兵部尚书，依旧兼任东阁大学士，而马士英则被任命为礼部尚书。
对于这一结局，马士英还是能够接受的，虽然他和史可法的级别看起来一样，然而毕竟史可法现在不在权力核心，即便是有一个虚职也都无所谓。
在上任之后，马士英先是提出了稳定时局的一些紧急措施，联合文臣武将上书请求朱由崧登基称帝，随后又开始了各种任命，刘孔照、朱国弼等人全都升了职，就连阮大铖都被任命为右副杜御史，黄得功、刘泽清、刘良佐等将都被封侯，杨文骢被启用为兵部主事，越其杰被任命为总兵。
除此之外，马士英还做出了一个重要的任命，马鸣风加官兵部右侍郎，总督两广、福建、浙江、直隶等沿海各省水军以及对外贸易，正式名号虽然依旧是靖海总督，可是职权却大大加强，几乎成了大明沿海各省的水军总头目，并且主管所有的海路贸易。
就连马士英自己都没有想到，他的这一任命对大明究竟造成了怎样的影响？